Laboratory Memo
本研究室で勉強できる (させられる) こと
- 分子系統解析
- ・DNAを抽出方法、PCR実験、塩基配列データの解析。
- 統計ソフトR
- ・推測統計、統計モデリング (GLM、GLMM)、地図作成+GIS。高度なのは教えられない、、、。
- 小型節足動物調査
- ・顕微鏡観察、プレパラート標本の作製、土壌動物採集 (ツルグレン、Pit fallトラップ)、旗ずり法 (マダニ)。
- 生物多様性解析
- ・統計ソフトRを用いた、座標付け、多様度・類似度指数の計算、多様性のパターン解析。
ゼミについて
- 個人ゼミ
- ・月1回、マンツーマンで行う。英語論文の紹介、研究計画・進捗状況の確認を行う。
- 生態学ゼミ
- ・週1回、全員で行う。指定された本の輪読を行う。毎回、指定範囲のレジュメを作成し、内容を説明する。
- ・日程表！
- 統計ゼミ
- ・週1回、全員で行う。統計ソフトRをインストールしたPCを持参し、指定された本のコマンドを実行しながら、統計とRの使い方を勉強する。
- ・日程表！
参考Webサイト
- ＊サイトの閲覧にはユーザー名とPWが必要。
- 卒論・修論まとめ（研究室に入った年）
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・番外編
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・番外編
- 研究室用資料
- 研究全般
- ・卒業論文 (レジュメ etc) の書き方 (書式)
- ・参考文献
- ・【プレゼン】見やすいプレゼン資料の作り方【初心者用】 (外部)
- スライド作成におけるデザインの重要性・テクニックが分かりやすく説明されている。
- ・【研究】WebPlotDigitizer【初心者用】 (外部)
- 論文に掲載されているグラフから数値データを取得するためのサイト。座標を取得することができる。
- 遺伝子実験関連
- ・調査・実験メモ
- 標本作成や遺伝子実験に関する（本研究室の）注意点、プロトコル。
- ・Format Converter（外部）
- シーケンスデータの形式を変更できる。
- ・GENEPOP on the Web（外部）
- 集団遺伝解析用のソフトGENEPOPをweb上で実行することができる。
- ・PCRプライマーの設計（外部）
- GeneFisherとGeneWalkerを利用したユニバーサルプライマーの設計方法。コンセンサス配列はEMBOSS: cons（ターミナル：cons アライメント済.fasta output.fasta）でできる。
- ・EMBOSS Transeq（外部）
- 塩基配列データをアミノ酸に変換できる。
- ・調査・実験メモ
- PC関連
- ・PCの便利な使い方
- Macターミナル。
- ・VLSによる動画編集
- 動画をフレームで保存する方法。
- ・形態測定
- 楕円フーリエ記述子による形態測定。
- ・PCの便利な使い方
- R関連
- ・基礎編：Rの基本的な動かし方
- コマンド入力、関数・ライブラリ・パッケージ、Rスクリプト、外部データの取り込み。
- ・基礎編：Rで統計解析
- 推測統計、線形モデル、一般化線形モデル。
- ・基礎編：Rでデータ整形
- 主に、library(dplyr)を用いたデータ整形。
- ・実践編：Rでglm
- 誤差構造ごとのglmの実践例。AICに基づく多重比較。
- ・実践編：Rで作図
- ggplotによる作図の事例集。
- ・実践編：Rで地図作成
- ggplot、leafletを使った地図作成。描画中心で解析は「Rでgis」などを参照。
- ・実践編：Rで面積・長さ測定
- imageJを使った方法もある。
- ・実践編：Rでgis
- QGISを使ったGeoTifデータのrotateの方法の記述あり。
- ・実践編：Rで系統解析
- 専用ソフト（BEAST）の注意書きもある。
- ・実践編：Rで逆ジオコーディング
- 郵便番号から英語表記に変換するサイト情報もあり。
- ・実践編：Rでテキストマイニング
- 石田（2017）を参考に少し勉強したが、手に負えない感じ。石田（2017）の３章はRの使用法、４章は文字処理（stringパッケージ）の解説書として有用。
- ・データハンドリング入門 (外部)
- dplyrを用いたデータハンドリングの解説。縦横変換もある。分かりやすい。
- ・ggplot2 — きれいなグラフを簡単に合理的に (外部)
- ggplot2の細かな設定についてまとめられている。参照図がないので直感的には分かりにくいかもしれいが、少し慣れたら調べやすい。
- ・R、R言語、R環境・・・・・・ (外部)
- Rを用いた様々な解析方法が紹介されている。Chapterになっているので教科書的に使える。
- ・The R Graph Gallery (外部)
- 作図のまとめサイト。ここを観ればどうにかなる。ただし英語。
- ・Common statistical tests are linear models (外部)
- 推測統計における統計検定と線形モデルの関係をRコマンドを用いて説明している。t検定やANOVAとして別々に扱ってきた検定方法が、線形モデルという一つの概念で扱えることが良く分かる。ノンパラメトリックの検定にも触れている。ただし英語。
- ・dplyrを使いこなす！基礎編 (外部)
- dplyrを用いたデータ整理の解説。Rのbase、dplyr、SQLの対比が分かりやすい。
- ・Best ggplot visualizations (外部)
- ggplot2で作成できる代表的な図のリスト。
- ・疫学のためのRハンドブック (外部)
- 疫学用ではあるが、Rを用いたデータ整形から解析、レポートの作成までの流れを学ぶことができる。初歩的なグラフ作成から発展・有効な応用性の高い手法も紹介されており非常に参考になる。
- ・基礎編：Rの基本的な動かし方
- Python関連
- ・Pythonの基本的な動かし方
- Pythonの超基本的な説明、扱い方など。
- ・Pythonの基本的な動かし方
- PDFにページや文字を挿入する。
- ・Pythonの基本的な動かし方
- GIS関連
- ・無償で使えるGISデータ (外部)
- 地図作成や環境データなどGISデータが入手できる。
- ・CSVからKMLへのコンバーター (外部)
- 北緯、東経、地点名、の3列のcsvからkmlが作れる。Garmin BaseCampに読むこむときに必要になる。GPXやJSONもできるみたい。
- ・FRAGSTATS (外部)
- マサチューセッツ大学が作成した景観解析ソフト。土地被覆分類図や植生図から、総パッチ数や景観形状などの景観指数を算出すことができる。望月・村上 (2011) による解説。Rでは「landscapemetrics」パッケージで使えるみたい。
- ・無償で使えるGISデータ (外部)
- 環境DNA関連
- ・環境DNA学会：マニュアル (外部)
- 環境DNA学会が公開している実験マニュアル。
- ・環境DNA測定入門 (外部)
- 環境DNAに関する具体例が数多く紹介されている。
- ・環境DNA学会：マニュアル (外部)
- 鳥取関連
- ・鳥取砂丘景観保全調査報告書
- 鳥取砂丘未来会議による鳥取砂丘の調査報告書。
- ・書籍：鳥取砂丘学
- 鳥取大学国際乾燥地研究教育機構（監修）によって、2017年に古今書院から出版された。鳥取砂丘の様々な事柄を紹介している。
- ・河川環境データベース（河川水辺の国勢調査）
- 国土交通省によって実施されている河川周辺の生物調査結果が開示されている。対象は日本全国であるが、鳥取県の一級河川？の調査されている。
- ・鳥取砂丘景観保全調査報告書
- 法令関連
- 文章関連
- 生物データベース関連
- ・ワラジムシ.com
- 日本産ワラジムシ亜目のまとめ。唐沢が作成しているので、完成までは程遠い。
- ・World Marine, Freshwater and Terrestrial Isopod Crustaceans database (外部)
- ワラジムシ・ダンゴムシ (水生含む) のデータベース。
- ・日本列島の甲虫全種目録 (2024年)（外部）
- 日本から報告のある甲虫を検索できる。
- ・兵庫の昆虫雑誌 きべりはむし（外部）
- 兵庫県の昆虫に関する雑誌。分類ごとにまとめて紹介した論文など、鳥取県の昆虫を同定する上で参考になるものが多い。。
- ・兵庫ワイルドライフモノグラフ（外部）
- 兵庫県森林動物研究センターが発刊している雑誌。シカやイノシシ、外来種アライグマの獣害に関する研究が掲載されている。
- ・日本産ハナバチ類画像データベース（HANABACHI）（外部）
- 日本産ハナバチ類の画像データベースで画像検索や種情報のデータベースを確認できる。
- ・British Myriapod and Isopod Group（外部）
- 英国の多足類とワラジムシ類のデータベース。
- ・antmaps.org（外部）
- アリの分布データベース。
- ・Termite Map（外部）
- シロアリの分布データベース。
- ・World Spider Catalog（外部）
- クモのデータベース。
- ・Pseudoscorpions of the World（外部）
- カニムシのデータベース。
- ・Schizomids of the World（外部）
- ヤイトムシのデータベース。
- ・Whip scorpions of the World（外部）
- サソリモドキのデータベース。
- ・Field Guides and Catalogues（外部）
- クモ形類のデータベースのまとめ。
- ・MilliBase source details（外部）
- ヤスデのデータベース。
- ・Checklist of the Collembola（外部）
- トビムシのデータベース。
- ・バッタラボ（外部）
- 日本のバッタについて分かりやすく説明されている。
- ・Tropicos connecting the world to botanical data since 1982（外部）
- 植物のデータベース。
- ・環境アセスメントデータベース（EADAS）（外部）
- 風力発電所の建設データ、それに関連する鳥類データのGISデータベース。
- ・日本の生物多様性地図化プロジェクト（外部）
- 植物、脊椎動物、イシサンゴ類の多様性が地図化されている。
- ・ワラジムシ.com